Jean-Francois Rey (ee844261) at 07 Dec 09:14
change version to 1.0.4
Virgile Baudrot (29d9dbdb) at 03 Dec 16:03
Virgile Baudrot (fa984a72) at 03 Dec 16:03
Merge branch 'issue#3' into 'master'
... and 1 more commit
Problème avec la fonction brk_dispersal
: lorsque le patch est numéroté 0, le calcul de la convolution est fausse:
D'après Dorian: "C'est juste avant que tu calcules la convolution entre les sources d'émission et le noyau de dispersion : la matrice des sources d'émission (sources_matrix) est censée être composée de 1 pour les pixels émetteurs et 0 pour le reste. Il y a néanmoins un problème lorsque le patch "0" émet (dans les données sfMaize65 c'est la 1ere parcelle), sources_matrix se retrouve constitué uniquement de 1 et la dispersion sera homogène, etc.. "
Le petit test suivant permet de le vérifier:
1 - le jeu de donné sfMaize65
a une ligne 0
library("briskaR")
data("sfMaize65")
> sfMaize65
Simple feature collection with 460 features and 2 fields
Geometry type: MULTIPOLYGON
Dimension: XY
Bounding box: xmin: 464160.4 ymin: 6256650 xmax: 469159 ymax: 6261649
CRS: +proj=lcc +lat_1=49 +lat_2=44 +lat_0=46.5 +lon_0=3 +x_0=700000 +y_0=6600000 +ellps=GRS80 +towgs84=0,0,0,0,0,0,0 +units=m +no_defs
First 10 features:
geometry maize label
0 MULTIPOLYGON (((468645.4 62... 0 0
1 MULTIPOLYGON (((466508.9 62... 0 1
2 MULTIPOLYGON (((467108.9 62... 1 2
2 - on peut faire la suite pour vérifier:
squareFrame_sfMaize65 <- st_squared_geometry(list(sfMaize65), buffer = 200)
stack_dispersal <- brk_dispersal(sfMaize65,
size_raster = 2^8,
kernel = "geometric",
kernel.options = list("a" = -2.63),
squared_frame = squareFrame_sfMaize65)
raster::plot(stack_dispersal[[1:6]])
qui donne un truc homogène pour le premier polygone:
Virgile Baudrot (0147eb58) at 03 Dec 16:01
Virgile Baudrot (6822b26d) at 03 Dec 16:01
Merge branch 'issue#2' into 'master'
... and 1 more commit
Jean-Francois Rey (f87e249b) at 03 Dec 15:52
Update .gitlab-ci.yml
Virgile Baudrot (29d9dbdb) at 03 Dec 15:29
allow any unit of pixel area for exposure: see #3
Problème avec la fonction brk_dispersal
: lorsque le patch est numéroté 0, le calcul de la convolution est fausse:
D'après Dorian: "C'est juste avant que tu calcules la convolution entre les sources d'émission et le noyau de dispersion : la matrice des sources d'émission (sources_matrix) est censée être composée de 1 pour les pixels émetteurs et 0 pour le reste. Il y a néanmoins un problème lorsque le patch "0" émet (dans les données sfMaize65 c'est la 1ere parcelle), sources_matrix se retrouve constitué uniquement de 1 et la dispersion sera homogène, etc.. "
Le petit test suivant permet de le vérifier:
1 - le jeu de donné sfMaize65
a une ligne 0
library("briskaR")
data("sfMaize65")
> sfMaize65
Simple feature collection with 460 features and 2 fields
Geometry type: MULTIPOLYGON
Dimension: XY
Bounding box: xmin: 464160.4 ymin: 6256650 xmax: 469159 ymax: 6261649
CRS: +proj=lcc +lat_1=49 +lat_2=44 +lat_0=46.5 +lon_0=3 +x_0=700000 +y_0=6600000 +ellps=GRS80 +towgs84=0,0,0,0,0,0,0 +units=m +no_defs
First 10 features:
geometry maize label
0 MULTIPOLYGON (((468645.4 62... 0 0
1 MULTIPOLYGON (((466508.9 62... 0 1
2 MULTIPOLYGON (((467108.9 62... 1 2
2 - on peut faire la suite pour vérifier:
squareFrame_sfMaize65 <- st_squared_geometry(list(sfMaize65), buffer = 200)
stack_dispersal <- brk_dispersal(sfMaize65,
size_raster = 2^8,
kernel = "geometric",
kernel.options = list("a" = -2.63),
squared_frame = squareFrame_sfMaize65)
raster::plot(stack_dispersal[[1:6]])
qui donne un truc homogène pour le premier polygone: